Ποινική δίωξη για ένα κακούργημα και πέντε πλημμελήματα ασκήθηκε από την εισαγγελία Πρωτοδικών της Αθήνας σε βάρος της επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένης Τουλουπάκη, με βάση τη παραγγελία του αντιεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ευ. Ζαχαρή ο οποίος διενέργησε την έρευνα για τους δικονομικούς χειρισμούς στην υπόθεση της Novartis.
Τα αδικήματα για τα οποία ασκήθηκε δίωξη εις βάρος της κυρίας Τουλουπάκη είναι: Κατάχρηση εξουσίας (κακούργημα), κατάχρηση εξουσίας, παράβαση καθήκοντος κατ εξακολούθηση, ψευδή βεβαίωση κατ εξακολούθηση, παραβίαση δικαστικού απορρήτου και παράβαση του νόμου περί προσωπικών δεδομένων (πλημμελήματα).
Η δικογραφία έχει ήδη διαβιβαστεί προκειμένου να χρεωθεί σε ανακριτή.
Συγκεκριμένα, η Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθήνας άσκησε ποινική δίωξη σε βάρος της εισαγγελέως κατά της διαφθοράς, Ελένης Τουλουπάκη, για ένα κακούργημα και πέντε πλημμελήματα, με βάση την παραγγελία του ενός από τους δύο Αντεισαγγελείς Αρείου Πάγου, του Ευ.Ζαχαρή, που διερεύνησαν τις ενέργειες της σε σχέση το σκάνδαλο Novartis, κι απ΄την άλλη δόθηκε εντολή για διενέργεια έρευνας σε βάρος Ράικου, Αγγελή, Μανιαδάκη, Φρουζή και Μανία προκειμένου να διαπιστωθεί εάν ψευδόρκησαν στις καταθέσεις τους, με βάση την παραγγελία του έτερου Αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου, Λάμπρου Σοφουλάκη.
Απ΄τη μια δηλαδή ο προϊστάμενος της εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθήνας, Ευάγγελος Ιωαννίδης, έκαναν δεκτό το πόρισμα Ζαχαρή που ζητούσε την ποινική δίωξη της κυρίας Τουλουπάκη κι απ΄την άλλη ενώ δεν αποδέχτηκε το συμπέρασμα Σοφουλάκη, που είχε σηκώσει και το μεγαλύτερο βάρος της έρευνας, ότι η εισαγγελέας κατά της διαφθοράς υπήρξε απολύτως σύννομη στις ενέργειες της, εν τούτοις παρήγγειλε να διερευνηθούν για ψευδομαρτυρία και άλλα αδικήματα οι βασικοί κατήγοροι της .
Παράλληλα από την εισαγγελία Πρωτοδικών διατάχθηκε προκαταρκτική εξέταση με βάση τα περιγραφόμενα στο πόρισμα του δεύτερου αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Λάμπρου Σοφουλάκη, ο οποίος σε σχέση με την Ελένη Τουλουπάκη ζητεί αρχειοθέτηση.
Η νέα εισαγγελική έρευνα που ξεκινάει για την αναζήτηση ενδεχόμενων ποινικών ευθυνών τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ι. Αγγελή, την τέως επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, οι οποίοι είχαν εξεταστεί τόσο κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής ενώπιον του Αρείου Πάγο που όσου και ενώπιον της Βουλής για την «υπόθεση Παπαγγελόπουλου», όπως επίσης και τους κατηγορούμενους στην υπόθεση της Novartis Νίκο Μανιαδάκη και Κων. Φρουζή καθώς και τον μάρτυρα Ν. Μιανία.
Τέλος σε ό,τι αφορά τους δυο επίκουρους Χρ. Ντζούρα και Χρ. Μανώλη ο φάκελος μπαίνει στο αρχείο καθώς και οι δυο ανώτατοι εισαγγελικοί λειτουργοί ότι δεν προκύπτουν στοιχεία σε βάρος τους.